Offres de thèses à pourvoir à Oniris VetAgroBio

Offres par Unité de recherche

BIOEPAR

Lieu de travail :

Oniris VetAgroBio, campus de la Chantrerie – Nantes (France)

Champs scientifiques :

  • Bactériologie
  • Bioinformatique

Mots clés :

bactéries, WGS, diversité génétique, diversité antigénique, antibio-résistance, pouvoir pathogène

Résumé :

La résistance aux antibiotiques est un problème majeur qui nécessite une approche One Health pour mieux anticiper son émergence. En France, les truites arc-en-ciel sont majoritairement élevées en connexion directe avec les environnements aquatiques de surface (e.g. rivières, fleuves) potentiellement contaminés par des rejets humains et/ou d’animaux terrestres, favorisant ainsi les interactions entre ces compartiments. Durant la période estivale, Aeromonas salmonicida salmonicida et Lactococcus garvieae / petauri sont deux bactéries responsables d’infections chez la truite avec un potentiel zoonotique confirmé pour cette dernière. Des épizooties de lactococcose ont émergé récemment dans des régions jusque-là indemnes (e.g. Bretagne en 2023), entrainant un usage empirique d’antibiotiques sans avoir permis un succès thérapeutique en raison d’une mauvaise connaissance de la génétique des bactéries. Cette méconnaissance a également un impact sur les techniques de diagnostic qui ne permettent pas d’identifier et distinguer les bactéries pathogènes par rapport aux autres. La diversité antigénique de ces souches est également un élément manquant, à ce jour, pour permettre une meilleure efficacité de l’approche vaccinale chez le poisson et limiter le portage de souches pathogènes et antibiorésistantes pouvant revenir à l’Homme par des voies récréatives et/ou professionnelles. Ainsi, le projet de thèse combinera une approche génomique (whole genome) et une approche phénotypique pour caractériser la diversité phylogénétique des bactéries d’intérêt et de leur résistance aux antibiotiques, différencier les souches pathogènes de celles non pathogènes et étudier la protection croisée des préparations vaccinales en investiguant la diversité antigénique des bactéries.

Type de contrat :

Allocation doctorale

Durée du contrat :

36 mois

Démarrage du contrat :

01 octobre 2024

Date limite de candidature :

18 août 2024

Pièces à fournir :

  • Curriculum vitae (2 pages maximum)
  • Lettre de motivation indiquant votre valeur ajoutée dans le projet de thèse
  • Notes de Master 2
  • Deux lettres de recommandation

Candidatures à envoyer à :

  • Emmanuelle MOREAU – emmanuelle.moreau@inrae.fr
  • Kenny OBERLÉ – kenny.oberle@inrae.fr

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LABERCA

ONIRIS, LABERCA, France, offre un poste de doctorant dans le cadre du réseau doctoral MSCA MobiliTraIN (Ion Mobility Mass Spectrometry Training Network). Le projet vise à apporter une nouvelle compréhension fondamentale de la spectrométrie de masse à mobilité ionique et à haute résolution (IM-HRMS), à fournir des matériaux de référence et des lignes directrices pour la normalisation, à développer des méthodes de pointe pour l'application de l'IM-HRMS dans le développement biopharmaceutique, les études biologiques omiques et le dépistage non ciblé des contaminants, et à jeter les bases de l'adoption de l'IM-HRMS dans l'industrie en formant 13 candidats au doctorat.

Le projet de doctorat proposé vise à intégrer la mobilité ionique (IM) dans les flux de travail du NTS afin de répondre aux besoins actuels en matière de compréhension de l'exposition des consommateurs aux produits chimiques.

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Contexte

L'échantillonnage conventionnel et les méthodes quantitatives ciblées dédiées aux analyses chimiques sont disponibles pour soutenir la surveillance de l'environnement, de l'alimentation et de l'homme, l'évaluation des risques et les décisions en matière de gestion des risques. Cependant, ces approches souffrent encore parfois d'un manque de sensibilité pour caractériser les populations les moins exposées, d'un manque de faisabilité pour les études sur de grandes populations et, surtout, elles ne prennent en compte qu'un nombre limité de marqueurs d'exposition connus et sélectionnés a priori. La saisie de l'exposome chimique humain réel et complexe nécessite de nouveaux cadres conceptuels et des approches méthodologiques innovantes, fondées sur la dernière génération d'instruments de pointe qui ouvrent la voie à une détection et à une identification plus rapides, à haut débit et holistiques des marqueurs.
La combinaison d'échantillonnages innovants (taches de sang sec, bracelets en silicone) et/ou de matrices biologiques (sang de cordon, placenta, méconium...) avec des approches de criblage suspectes et non ciblées basées sur la spectrométrie de masse à haute résolution (HRMS) apparaît aujourd'hui comme une alternative méthodologique prometteuse pour élargir notre connaissance de l'exposome chimique humain.

Comme l'ont formulé plusieurs agences (par exemple l'EFSA), l'exposition humaine à un stade précoce apparaît en particulier comme une préoccupation majeure qui n'est pas encore bien prise en compte, à la fois en termes d'évaluation des risques et de lien avec l'impact sur la santé aux stades les plus tardifs (concept DoHAD). L'objectif de ce projet est de développer et de réaliser une démonstration de faisabilité afin d'évaluer les performances et d'illustrer l'utilité de ces méthodes innovantes, en complément des approches conventionnelles et ciblées, en se concentrant sur des échantillons humains prélevés sur des individus mère-nouveau-né/enfant.

Objectifs

Dans ce contexte, un projet de recherche est ouvert pour un candidat au doctorat. Ce projet vise à développer des stratégies analytiques innovantes axées sur le profilage de l'exposition périnatale via la spectrométrie de masse multidimensionnelle et à haute résolution couplée à différents types de séparations chromatographiques (LC-Q-Exactive/LC-Q-TOF/GC-Q-Exactive).
Le travail de recherche du doctorant consistera donc en la préparation d'échantillons, la génération de données, l'analyse de données et le traitement pour accéder à la caractérisation de l'exposition chimique des individus (Exposomics). En outre, une partie supplémentaire sera consacrée à l'évaluation des nouvelles méthodes d'échantillonnage et à leur comparaison avec les techniques conventionnelles plus invasives.
Ce projet de doctorat fait partie d'un grand consortium européen sur l'exposition chimique (projet PARC "Partnership for Assessment of Risk of Chemicals", EU Horizon EU Cofund, 2022-2029, www.eu-parc.eu) - rassemblant plus de 200 institutions de 28 pays. Ce consortium offrira au candidat un vaste réseau et une expérience internationale.

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GEPEA

Contexte

Le projet ANR μCOSMOS est un projet de recherche collaborative centré sur le recyclage alimentaire des rebuts et invendus de pain (RIP) à petite échelle et financé pour 4 ans par l’ANR principalement (2024-2028).
La notion de petite échelle fait ici référence à la boulangerie artisanale ou semi-industrielle (< 30 employés) d’une part et la TPE pour les valorisateurs de ces RIP d’autre part. Le projet part des niches d’innovation existantes sur le terrain autour de la production de poudre de pain via de nouveaux équipements pour i) utiliser cette poudre de pain comme nouvel ingrédient intégré directement dans la production des boulangeries équipées ou ii) utilisation dans des ateliers de transformation locaux qui collectent les RIP des boulangeries et les transforment en de nouveaux produits, pour l’essentiel des produits céréaliers (apéritifs, biscuits). Le projet vise à se nourrir de ces initiatives de terrain et à les enrichir à son tour par les connaissances produites et les solutions envisagées. Cette valorisation alimentaire des RIP fait écho aux priorisations de la loi Garot (2016) à savoir la redistribution et l’alimentation humaine avec transformation.
Le projet réunit un consortium qui vise à éclairer cette transformation sous différents angles (économique, environnemental, procédé, consommateur) et son caractère opportun et les conditions de son opportunité.
Cette thèse porte plus particulièrement sur le procédé de recyclage en tant que tel. Le travail sera réalisé au sein du laboratoire GEPEA à Oniris et en lien étroit avec le laboratoire OPAALE : ces deux laboratoires encadrent la thèse et présentent une expertise confirmée au niveau international sur les procédés de transformation des céréales en produits de BVP.

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Le Doctorat à Oniris VetAgroBio

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Vos contacts

Oniris VetAgroBio – Direction de la Recherche et des Etudes Doctorales

Contact : service.dred-doctorat@oniris-nantes.fr
02 40 68 40 09 / 02 40 68 29 80