Oniris accompagne ses équipes pour leur innovation pédagogique avec des séminaires pédagogiques bi-annuels pour « partager, discuter, questionner nos expériences d'enseignement et explorer des territoires innovants », le soutien d’un ingénieur pédagogique projet et une équipe de production (vidéos, intégration moodle). L’établissement incite lors de la prise d’un poste d’enseignant-chercheur, la personne recrutée à suivre la formation nationale pédagogique organisée par le Ministère chargé de l’Agriculture.