Pour répondre au mieux aux enjeux croisés de la Santé humaine et animale et de l'Alimentation, et en partenariat avec l'INRA, le CNRS et l'INSERM, les 12 unités de recherche d'Oniris développent leur travaux dans 4 grandes thématiques scientifiques :
Développant des recherches sur la compréhension de la pathogénie des maladies humaines et animales et sur l'évaluation de stratégies thérapeutiques, notamment cellulaires et géniques, à partir de modèles animaux, les équipes de recherche contribuent à des enjeux de compréhension et de traitement innovant de maladies de l'Homme, dans le cadre d'interactions fortes avec les équipes de recherche du pôle Santé nantais.
Développant des recherches sur la biologie des agents pathogènes des animaux d'élevage, l'épidémiologie des maladies animales et les stratégies d'aide à la décision en santé animale, les équipes de recherche contribuent à des enjeux de suffisance alimentaire, par la prévention et la gestion de crise de santé animale, et à la santé de l'Homme par la prévention de risques biologiques ou chimiques entrant dans la chaine alimentaire.
Développant des recherches sur la sécurité chimique et microbiologique de l'aliment, la qualité organoleptique des aliments et la nutrition humaine, les équipes de recherche contribuent à produire les connaissances et méthodes permettant d'assurer la production d'aliments de bonne qualité sanitaire, nutritionnelle et sensorielle.
Développant des recherches sur les procédés agroalimentaires et l'économie des industries agroalimentaires, les équipes de recherche contribuent à la conception et l'évaluation de procédés agro-alimentaires innovants et durables pour produire des aliments répondant à la fois aux stratégies industrielles et aux attentes du consommateur.